Facturation électronique : le plan de bascule de l'expert-comptable, dossier par dossier

Pour un expert-comptable, la facturation électronique est d’abord un chantier de portefeuille. Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA établies en France doivent pouvoir recevoir leurs factures par une plateforme agréée, et les grandes entreprises et ETI doivent émettre les leurs ; les PME et micro-entreprises émettront au plus tard le 1er septembre 2027. Le cabinet a donc moins d’un an pour qualifier chaque dossier, recommander une plateforme, paramétrer sa production comptable et formaliser une nouvelle mission.

Ce guide résume d’abord l’état de la réforme, puis détaille le plan de bascule dossier par dossier. Les règles citées viennent des publications de la DGFiP à jour de septembre 2026.

Facturation électronique et expert-comptable : où en est la réforme au 5 octobre 2026

Le calendrier n’a pas bougé : la première échéance est passée, la seconde est fixée.

Obligation	Grandes entreprises et ETI	PME et micro-entreprises
Recevoir les factures électroniques	Depuis le 1er septembre 2026	Depuis le 1er septembre 2026
Émettre les factures électroniques	Depuis le 1er septembre 2026	Au plus tard le 1er septembre 2027
Transmettre les données d’e-reporting	Depuis le 1er septembre 2026	Au plus tard le 1er septembre 2027

La taille s’apprécie par unité légale (SIREN), selon les critères de la loi de modernisation de l’économie de 2008, au 1er janvier 2025 : sur le dernier exercice clos avant cette date, ou à défaut sur le premier exercice clos ensuite. Une PME compte moins de 250 personnes et réalise un chiffre d’affaires inférieur ou égal à 50 millions d’euros ou un total de bilan inférieur ou égal à 43 millions d’euros. Pour un portefeuille de TPE et de PME, l’échéance d’émission est donc le 1er septembre 2027.

L’obligation de réception vaut aussi pour les assujettis qui ne réalisent que des opérations exonérées ou hors du dispositif. L’administration donne l’exemple du médecin ou de l’ostéopathe, qui doit avoir choisi une plateforme pour recevoir les factures de son fournisseur d’énergie. À l’inverse, une holding passive ou une association non lucrative non assujettie sont hors du champ.

Une PME peut entrer volontairement dans le dispositif avant 2027, pour tout ou partie de ses factures. En revanche, un client ne peut pas lui imposer l’émission électronique au titre de la réforme avant son échéance légale.

Sanctions et phase de démarrage

Les textes prévoient trois régimes de sanction :

• défaut d’émission électronique : 50 € par facture, plafonnés à 15 000 € par année civile, la première infraction n’étant pas sanctionnée ;
• défaut de plateforme de réception : 500 € après une mise en demeure restée sans effet pendant trois mois, puis 1 000 € par nouvelle période de trois mois ;
• défaut de transmission des données d’e-reporting : le régime d’amende de l’article 1788 D du CGI.

Le guide pratique de démarrage publié par la DGFiP en juillet 2026 précise que les sanctions ne seront pas appliquées aux entreprises qui rencontrent des difficultés mais sont engagées dans une trajectoire sérieuse de mise en conformité. Il insiste sur un point : ce n’est ni un report ni une suspension. L’administration distinguera les difficultés réelles et documentées de l’inertie ou du refus d’entrer dans le dispositif. Parmi les preuves citées figurent le contrat avec une plateforme, les échanges avec l’expert-comptable, le calendrier de raccordement et les tests réalisés. Le suivi que tient le cabinet fait donc partie du dossier de preuve de son client.

Plateformes agréées, annuaire et PPF : qui fait quoi

Les plateformes agréées, appelées plateformes de dématérialisation partenaires (PDP) dans les premiers textes, sont des opérateurs privés immatriculés par l’administration fiscale. Elles émettent, transmettent et reçoivent les factures, extraient les données utiles à l’administration et transmettent l’e-reporting. Leur liste est publiée et mise à jour sur impots.gouv.fr.

Le portail public de facturation n’échange plus de factures entre entreprises. Depuis l’annonce du 16 octobre 2024, entérinée par la loi de finances pour 2025, il est recentré sur deux fonctions : l’annuaire, qui indique pour chaque entreprise la plateforme qui reçoit ses factures, et le concentrateur, qui reçoit les données transmises à l’administration.

Une solution compatible (logiciel de facturation, de caisse ou de gestion) peut continuer à servir, à deux conditions cumulatives : proposer les fonctionnalités attendues par la réforme et être connectée à au moins une plateforme agréée.

Trois règles pratiques en découlent :

• un PDF envoyé par mail n’est pas une facture électronique au sens du dispositif ;
• la facture doit respecter l’un des formats du socle commun aux plateformes (UBL, CII ou Factur-X) et porter certaines données sous forme structurée ;
• quatre mentions sont obligatoires depuis le 1er septembre 2026 : le SIREN du client, la catégorie de l’opération (livraison de biens, prestation de services ou les deux), l’option pour le paiement de la TVA d’après les débits le cas échéant, et l’adresse de livraison si elle diffère de l’adresse de facturation.

E-reporting : les données qui ne passent pas par une facture

L’e-reporting complète la facture électronique pour les opérations qu’elle ne couvre pas. Il suit le même calendrier que l’émission.

Opération	Ce qui est transmis	Rythme
Vente ou prestation à un particulier ou à un non-assujetti	Montant total des opérations par jour, sur une période	Selon le régime de TVA
Opération avec un professionnel établi hors de France	Données facture par facture	Selon le régime de TVA
Prestation de services dont la TVA est exigible à l’encaissement	Date et montant encaissé, par taux de TVA	Selon le régime de TVA

L’administration donne deux repères : un franchisé en base transmet ses données tous les deux mois ; une entreprise au réel normal mensuel transmet ses données de transaction trois fois par mois et ses données de paiement une fois par mois. Les données de paiement ne sont pas dues si l’entreprise a opté pour la TVA d’après les débits, ni pour les opérations autoliquidées. Pour une facture électronique, elles passent par le statut « encaissée » de la facture ; pour une opération en e-reporting, par un flux dédié.

Pour le cabinet, c’est la partie la plus lourde chez les clients qui vendent aux particuliers : commerce, restauration, artisans. Le rythme de transmission dépend du régime de TVA du client, celui-là même qui fixe la périodicité de ses déclarations (voir la fiche TVA : la déclaration CA3).

Étape 1 : recenser les dossiers et leurs flux

Le plan commence par une photographie du portefeuille. Pour chaque dossier, le cabinet a besoin des mêmes informations.

Information	Pourquoi elle compte
Catégorie d’entreprise au 1er janvier 2025	Fixe l’échéance d’émission
Assujettissement et régime de TVA	Hors champ si non assujetti ; le régime fixe le rythme de l’e-reporting
Type de clientèle : professionnels en France, particuliers, étranger	Facture électronique, e-reporting ou les deux
Exigibilité de la TVA sur les prestations	Déclenche ou non l’e-reporting des paiements
Outil de facturation actuel	Logiciel raccordable, tableur, traitement de texte, carnet
Volume de factures émises et reçues	Dimensionne la solution et le temps d’accompagnement
Plateforme de réception désignée	Obligatoire depuis le 1er septembre 2026
Clients publics	La sphère publique reçoit ses factures par Chorus Pro

L’essentiel se trouve déjà dans la comptabilité : les comptes clients montrent la nature de la clientèle, le grand livre le volume de factures, les déclarations de TVA le régime. Un questionnaire court au client complète ce qui manque, notamment l’outil de facturation et la plateforme éventuellement choisie.

Étape 2 : qualifier qui émet quoi, et à quelle date

Le recensement permet de ranger chaque dossier dans un profil, et chaque profil appelle un traitement différent.

Profil	Échéances	Travail du cabinet
Grande entreprise ou ETI	Réception et émission depuis le 1er septembre 2026	Vérifier que l’émission et l’e-reporting fonctionnent, documenter les écarts
PME ou micro facturant des professionnels	Réception depuis 2026, émission au plus tard le 1er septembre 2027	Choix de la plateforme d’émission, données clients, paramétrage
PME ou micro vendant surtout aux particuliers	Réception depuis 2026, e-reporting au plus tard le 1er septembre 2027	Données de transaction et de paiement, souvent depuis la caisse
Assujetti aux seules opérations exonérées	Réception depuis 2026	Une plateforme de réception, rien à émettre
Non-assujetti	Hors champ	Le noter pour ne plus y revenir

Deux priorités se dégagent. La première est immédiate : tout dossier assujetti sans plateforme de réception est déjà en défaut et s’expose à une mise en demeure, puis à une amende. La seconde tient à l’échéance de 2027 : les dossiers à fort volume de factures ou à clientèle mixte demandent le plus de paramétrage et doivent passer en premier. Les dossiers LMNP et particuliers posent des questions propres (assujettissement, opérations exonérées) à trancher au cas par cas.

Étape 3 : choisir ou recommander une plateforme, et formaliser les mandats

Le choix de la plateforme est une décision de gestion du chef d’entreprise. Il peut en retenir une ou plusieurs, distinctes pour l’émission, la réception et l’e-reporting, et en changer à tout moment. Le cabinet n’impose rien, mais il a intérêt à recommander un petit nombre de solutions qu’il connaît et qu’il sait relier à sa production. Les critères qui comptent :

• l’immatriculation, à vérifier sur la liste publiée par impots.gouv.fr ;
• la compatibilité avec l’outil de facturation ou la caisse du client ;
• la récupération des factures émises et reçues dans le logiciel de production du cabinet ;
• la gestion de l’e-reporting et des statuts de la facture (refus, litige, encaissement) ;
• le coût pour le client, à l’abonnement et au volume.

Côté formalités, l’entreprise signe un accord formel avec la plateforme qui la désigne dans l’annuaire. Si le cabinet accomplit ces démarches, accède aux flux pour la tenue ou émet des factures pour le compte du client, il lui faut un mandat écrit, et pour l’émission un mandat de facturation. Conservez ces mandats dans le dossier permanent, avec la date de désignation de la plateforme.

Étape 4 : paramétrer avec la production comptable

La facture électronique change la source des pièces : elles arrivent structurées, depuis la plateforme, et non plus scannées ou déposées par le client. Le paramétrage se joue sur quatre points :

1. Le flux d’entrée. Raccorder la plateforme du client au logiciel de production, ou organiser l’export, pour que les factures émises et reçues alimentent la comptabilité sans ressaisie.
2. Les données du client. Le SIREN de chaque client professionnel devient une mention obligatoire. Les fichiers clients incomplets bloqueront l’émission : c’est un travail de nettoyage à prévoir chez le client avant 2027.
3. La TVA. Vérifier l’exigibilité retenue (encaissement ou débits) et la cohérence avec les données de paiement transmises. Les données collectées serviront à terme au pré-remplissage des déclarations de TVA.
4. Les doublons. Pendant le démarrage, une même facture peut arriver par plusieurs canaux. Le guide de la DGFiP demande de désigner une facture de référence et de marquer les autres exemplaires comme copies, pour éviter double comptabilisation et double déduction.

Testez sur quelques dossiers représentatifs avant de généraliser : un client B2B à volume, un commerçant, un dossier mixte.

Étape 5 : une mission d’accompagnement, ses honoraires et son avenant

Ce travail dépasse le périmètre habituel d’une mission de tenue ou de présentation des comptes. C’est une mission nouvelle, qui se décrit et se facture comme telle. Il se découpe en général en deux parties :

• une prestation ponctuelle : diagnostic des flux, recommandation de plateforme, démarches de désignation, paramétrage, formation du client ;
• une prestation récurrente, le cas échéant : contrôle des rejets et des statuts, suivi de l’e-reporting, émission pour le compte du client sous mandat.

Pour chiffrer, partez d’un budget de temps par profil de dossier plutôt que d’un prix unique : un commerçant qui encaisse en espèces et un sous-traitant qui émet trente factures par mois ne demandent pas le même travail. Le guide sur la rentabilité d’un dossier détaille comment comparer ensuite ce budget au temps réellement passé.

La nouvelle mission se formalise par un avenant à la lettre de mission, qui précise son périmètre, ce qui reste à la charge du client (fichier clients, choix final de la plateforme, contrat avec elle) et les honoraires. Le guide Lettre de mission d’expert-comptable revient sur ce que doit contenir un avenant.

Étape 6 : suivre l’avancement sur tout le portefeuille

Sur cent ou deux cents dossiers, la bascule se pilote comme une campagne. Donnez à chaque dossier un statut normalisé et une date cible, par exemple :

1. À qualifier
2. Qualifié, profil connu
3. Plateforme de réception désignée
4. Avenant signé
5. Émission et e-reporting paramétrés
6. Testé, en production

Le calendrier se construit à rebours depuis le 1er septembre 2027, en tenant compte de la saison fiscale, qui occupe l’équipe de janvier à mai. Concrètement : recensement, qualification et avenants avant la fin de 2026, paramétrage des dossiers prioritaires au printemps pour ceux qui le peuvent, puis le gros des paramétrages entre juin et août 2027. Le guide Organiser la saison fiscale aide à mesurer la capacité réellement disponible sur ces périodes.

Kabineo n’est pas une plateforme agréée : il n’émet, ne reçoit et ne transmet aucune facture. Il sert au suivi : chaque dossier client a sa fiche, enrichie depuis les registres publics (SIRENE, RNE), qui donne la base du recensement, et les tâches de bascule se suivent par statut sur tout le portefeuille, avec des changements de statut en lot.

Le cabinet est lui-même une entreprise concernée

Le cabinet applique la réforme pour son propre compte. Il doit recevoir ses factures fournisseurs par une plateforme agréée depuis le 1er septembre 2026. S’il est une PME, il émettra ses factures d’honoraires sous forme électronique au plus tard le 1er septembre 2027 pour ses clients professionnels établis en France. Les honoraires facturés à des particuliers, déclarations de revenus par exemple, relèveront de l’e-reporting de transaction.

Les honoraires sont des prestations de services : sauf option pour le paiement de la TVA d’après les débits, la TVA est exigible à l’encaissement et le cabinet devra aussi transmettre des données de paiement. Traiter le cabinet comme un dossier pilote, avant les clients, permet de tester la plateforme recommandée et le paramétrage de la production sur un cas que l’on maîtrise entièrement.

Cet article est une information générale à jour au 5 octobre 2026, établie à partir des publications de l’administration fiscale. Il ne remplace pas l’analyse de la situation de chaque dossier.